Οι υγρότοποι του Αμβρακικού Κόλπου είναι ένα σύνθετο οικοσύστημα που αποτελείται από τα ρηχά θαλάσσια νερά του ίδιου του Κόλπου, έναν σπάνιο σχηματισμό υγροτόπων ενός διπλού δέλτα των ποταμών Λούρου και Αράχθου, ένα σύστημα λιμνοθάλασσας που αποτελείται από τρεις μεγάλες λιμνοθάλασσες (Ροδιά, Τσουκαλιό, Λογαρού) και μερικές μικρότερες, καθώς και μια θαλάσσια ζώνη ακριβώς νότια από αυτές. Οι πάνω από 20 μικρές και μεγάλες λιμνοθάλασσες, τα λασποτόπια, οι αμμώδεις παραλίες με τις αμμοθίνες, οι αλμυρόβαλτοι, οι εκτενείς καλαμιώνες και οι βάλτοι εναλλάσσονται με υγρόφιλα παραποτάμια δάση, παραδοσιακές καλλιέργειες, λόφους πλατύφυλλων δέντρων και μικρές νησίδες, συνθέτοντας ένα μοναδικό για τα ελληνικά δεδομένα οικοσύστημα.Οι μεγαλύτερες από τις λιμνοθάλασσες είναι το σύμπλεγμα «Ροδιά, Τσουκαλιό, Αυλερή», που βρίσκονται δυτικά του λόφου της Σαλαώρας και η λιμνοθάλασσα Λογαρού ανατολικά του ίδιου λόφου. Οι δύο από τις τρεις λιμνοθάλασσες, το Τσουκαλιό και η Ροδιά επικοινωνούν μεταξύ τους, δημιουργώντας ένα σπάνιο για τα ελληνικά δεδομένα διπλό λιμνοθαλάσσιο σύμπλεγμα. Επίσης, περιοχές ιδιαίτερης σημασίας είναι η λιμνοθάλασσα Σάλτινης και η λίμνη Βουλκαριάς, καθώς θεωρούνται όρια εξάπλωσης, του προστατευόμενου είδους Carex acuta (Carex panormitana Guss).